自研发之初，连花清瘟就已经应用了现代医学的科学研究方法开展了多项研究，其中包括循证医学研究。循证医学研究是国际公认的、科学评价药物疗效的“金标准”。“中药连花清瘟治疗流行性感冒”的循证研究荣获了2011年度国家科学技术进步二等奖。检索发现，各平台已发表连花清瘟相关研究论文约970篇，其中SCI论文约110篇。
多个基础研究证实，连花清瘟具有广谱抗病毒效果，对流感病毒甲型H1N1、H3N2、H5N1、H7N9、H9N2病毒、冠状病毒等，对引起普通感冒的副流感病毒、呼吸道合胞病毒等都具有很好的拮抗作用。
在临床研究方面，随机双盲对照研究证实，连花清瘟可以明显提高流感证候疗效和体温疗效显效率，明显减轻患者咽干咽痛、肌肉酸痛、咳嗽等症状，缩短发热起效时间。2021年，连花清瘟位列中医药循证评价证据指数流感TOP榜第一位。
最新一项中国、泰国、越南、菲律宾四国17家医院联合开展的连花清瘟治疗新冠病毒感染随机、双盲、国际多中心临床研究证实，连花清瘟可显著改善新冠病毒感染临床症状，缩短轻中度新冠病毒感染患者的康复时间，未发现与药物相关的不良反应，这是目前中医药治疗新冠病毒感染开展的最高等级的临床研究，也是中医药开展的唯一一项国际多中心循证医学研究。
